Also ich würde sagen, dass es generell kein Problem ist, den zweiten Teil als eigene Binary zu assemblieren und dann in die Sektoren zwei bis ... zu schreiben. Aber wesentlich bequemer, v.a. für die Entwicklung ist es imho, ein kleines Programm in die 512 Bytes zu quetschen, dass aus einer FAT12 partitionierten Diskette eine bestimmte Datei sucht und lädt. Dann kann man nämlich selbige Datei gemütlich mit dem Windows Explorer oder sonstigem Programm deines favorisierten Betriebssystems austauschen, ohne jedesmal rawrite oder vergleichbares bemühen zu müssen.
Hier liegt auch irgendwo ein solcher Bootloader rum, ich glaub von TeeJay, aber der ist ein wenig unübersichtlich. Ich möchte nicht behaupten, dass meiner besser ist, aber er ist auf jeden Fall besser kommenteiert, wenn Interesse besteht - einfach PN.