Ich hab es inzwischen beheben können allerdings etwas unschön finde ich naja so gehts es aber.
Ich schreibe nicht nur den bootloader per rawrite auf die disk, sondern auch eine jungfräuliche fat (und 2. fat) und ein leeres rootdir.
Denn scheinbar schreibt rawrite selbst noch haufenweise zeugs auf die disk. Hab mir das nämlich mal dann mit hexworks angeschaut und siehe da: massenweise bytes die nicht null sind. Mit anderen worten da wo die Fats sind, standen einträge, also dachte er erstens das die diskette voll ist, da er keine nullen finden konnte (disk wurde immer als voll gezeigt) und zweitens im rootdir stand alles voll, mit unsinnigen sachen, das hat ihn denn ganz verwirrt. Wenn alles null ist gibts keine Probleme mehr.