Du musst das EOI Signal erst senden, wenn der Interrupt aufgetreten ist.
Hast du die Interrupts mit STI wieder aktiviert, falls du sie deaktiviert hattest?
Du solltest den PIT demaskieren, also 0 an beide PIT Ports senden. (Ich glaub es waren die 2. Ports, guck lieber nochmal im Tutorial hier auf der Seite nach.)
IRQ 0 ist der PIT IRQ, standardmässig tritt er 18,5 mal pro Sekunde auf, das kann man aber über den PIT( Programmable Interrupt Timer ) ändern.
Das CMOS stellt ausserdem noch einen Timer bereit (IRQ9) der bis zu 8192 mal in der Sekunde aufgerufen werden kann.
Für IRQ 0 solltest du auf jeden Fall einen ISR bereitstellen oder den Interrupt maskieren, da man den Timer soweit ich weiß nicht deaktiveren kann.
Der CMOS Timer wird erst aktiviert, wenn man ein Bit im CMOS setzt.