Ja, entweder FAT oder ext2. Ich finde FAT ziemlich hässlich, vor allem, wenn man sich nicht auf eine Variante beschränkt, sondern sowohl FAT 12 als auch 16 als auch 32 implementieren will, aber ext2 ist auch nicht wesentlich leichter und macht natürlich nur dann Sinn, wenn dein Hostsystem damit auch umgehen kann (also in der Praxis, falls du auf Linux entwickelst).
ext3/4 und NTFS sind natürlich die besseren Dateisysteme, aber treiben die Komplexität in einen Bereich, der sich wahrscheinlich noch auf Jahre nicht lohnt für dein Hobby-OS.