1) Das sind dann aber keine echten Programme. Programme liegen immer als Dateien vor, das heißt der User kann sie verändern, welche hinzufügen, löschen, usw.
2) Was meinst du mit "anderes Dateisystem"? Unter Windows kannst du nur FAT12 für Disketten verwenden, unter Linux auch MinixFS, ... Wenn du ein eigenes Dateisystem meinst, musst du dir natürlich ein entsprechendes Tool selber schreiben.