Du kannst verschiedene Dateisysteme integrieren, du musst dich nicht auf ein bestimmtes Dateisystem festlegen. Du kannst so viele implementieren wie du willst / Zeit hast.
Ob du Dateien auf eine Partition eines anderen Os schreibst oder nicht ist dir auch freigestellt, das Design deines Os liegt weitgehend in deinen Händen, du kannst implementieren was du möchtest. Wenn das Os erstmal einigermaßen stabil läuft wirst du warscheinlich ein Tools zum Partitionieren basteln wollen, damit du eigene Partionen erstellen kannst. Dafür sollte dein Kernel aber erstmal Speicher und Prozesse verwalten können, das Dateisystem brauchst du erst, wenn du die Grundlegenden Funktionen fertiggestellt hast.