Ist mir noch nie passiert. Die Meldung kommt laut qemu-Quellcode wohl, wenn die Kerneldatei kleiner ist als sie behauptet zu sein (entweder im ELF- oder im Multibootheader). Wie hast du denn den Kernel genau gebaut? Kannst du mal mit readelf und mbchk prüfen, ob die Datei einigermaßen vernünftig aussieht?