Nein, qemu und VirtualBox können sich nicht in die Quere kommen. Was genau bedeutet denn "VBox geht nicht mehr"? Lässt sich das Programm nicht mehr starten, läuft die Emulation einiger Betriebssysteme nicht mehr?
Der Grund für den Geschwindigkeitsunterschied dürfte daran liegen, dass du qemu ohne KVM benutzt hast - das ist natürlich total langsam im Gegensatz zu VBox, welches sich etwaiger Virtualisierungserweiterungen moderner Prozessoren bedient.