Wenn du in der Definition für dein Dateisystem schon festlegst, welche Ordnerstrukturen es geben wird, kann man es nicht mehr für ein anderes Betriebssystem verwenden, das einen anderen Aufbau hat. Oder was ist, wenn du dir während der Entwicklung deines Betriebssystems überlegst, dass du doch eine andere Hierarchie haben möchtest? Dann kannst du erstmal ein komplett neues Dateinsystem einbinden.
Außerdem ist doch zweifelhaft auf Dateisystemebene den Dateityp festzulegen. Die Einteilung binär/text ist doch ziemlich willkürlich. Was ist z.B. ein Word-Dokument? Eine Textdatei? Natürlich nicht. Sie aber als Binärdatei zu markieren könnte beim Benutzer aber auch Verwirrung stiften.