Du brauchst ein Disketten-Image, welches du in Bochs anstatt der kernel.bin einträgst. Wie du das unter Windows am einfachsten erstellst weiss ich auch nicht.
Wenn du mal ein rohes Imge hast, kannst du es mit VFD(
http://chitchat.at.infoseek.co.jp/vmware/vfd.html) als virtuelles Diskettenlaufwerk benutzen. Damit solltest du, wenn ich mich nicht irre, sogar ein Image erstellen können, indem du keinen Pfad für das Image auswählst (Image im Ram), die Änderungen darauf machst, und es danach abspeicherst.
Auf dieses virtuelle Laufwerk schreibst du dann mit Rawwrite oder dd deinen Bootloader. Danach kannst du die Kernel.bin (oder wie du sie nennen willst) direkt mit dem Explorer auf die Diskette kopieren.
Aber ich würde dir anraten, Grub zu benutzen. Damit kannst du eine Fehlerquelle ausschliessen. Der wechselt dir auch direkt in den Protected-Mode, und du kannst von Anfang an ein brauchbares Binärformat (am besten ELF) benutzen. Später kann er dir auch schon Module beim booten mitladen. Wenn du den benutzen möchtest, nimmst du am besten ein fertiges Image (z.B. von LOST) und passt es mit VFD an.