Das Problem lässt sich durch das Linkerscript so wie ich das sehe kaschieren, dann landet die .plt Sektion nicht an irgendwelchen wirren Adressen, das behebt dein Problem.
Ansonsten konnte ich auch mit dem Code im git das Problem, das überhaupt eine .plt Sektion erstellt wird, reproduzieren. Das taucht aber nur mit den ersten beiden Commits auf, ab dem dritten funktioniert es problemlos. Ich habe aber keinen blassen Schimmer was an dem 3ten Commit ursächlich für das Verschwinden der .plt-Sektion ist, aber ich könnte mir vorstellen, dass es ein Bug in den (Debian/Ubuntu?) binutils ist.