Hallo,
bist du sicher, dass der Kernel - bei gelöschtem Interruptflag im Usermode - noch soweit funktioniert, dass ein Rücksprung möglich ist und er nicht abstürzt?
Ansonsten würde ich dir für Performancemessungen empfehlen, den betreffenden Usermodus-Task in der Priorität zu erhöhen (Echtzeitpriorität und "nice -20" für den Task) und für die Zeitstempel den TSC, soweit zuverlässig, zu benutzen. RDTSC geht auch im Usermodus.
Gruß,
Svenska