3. Naja, der Bootsektor ist doch nur 512 Bytes groß, insofern wird das schwierig. Was vielleicht klappen könnte, ist, dass du ihn vor die Tabelle deines Dateisystems setzt, so dass der Kernel diesem nicht bekannt ist. Ob dann der Bootloader noch mitspielt, ist aber wieder ne andere Frage.
4. Klassen haben einen Konstruktor, den das System dann aufzurufen versucht. Da du aber nicht wie bei Windows oder Linux ein Betriebssystem hinter dir hast, welches sich um alles kümmer, musst du wohl ne eigene Routine für die Konstruktoren schreiben. Bei LOST ist auch so eine dabei, nur so als Tipp zum abgucken *g*